Skip to main content

Sekuen Genom Bayam (Spinacia oleracea) Terbit

Laporan Penelitian ~ Para ilmuwan internasional dari Boyce Thompson Institute di Cornell University dan Shanghai Normal University telah selesai mengurutkan genom berkualitas tinggi tanaman bayam (Spinacia oleracea). Selain itu tim peneliti juga menyortir transcriptom semua RNA dari 120 tanaman bayam dan bayam liar.

Laporan Penelitian Sekuen Genom Bayam (Spinacia oleracea) Terbit

Bayam adalah tanaman tahunan atau dua tahunan dari keluarga Amamarhaceae yang terdiri dari sekitar 180 marga dan 2.500 spesies termasuk bit dan quinoa. Tanaman asli Asia tengah dan diperkirakan berasal dari Persia telah menjadi salah satu komoditas penting dalam industri pangan dunia.

Bayam adalah sayuran berdaun hijau kaya sumber karotenoid, folat, vitamin C, kalsium dan zat besi. Daun umum sebagai salad, sayuran segar, sayuran yang dimasak dan ramuan menu daging. Bayam dibudidaya di 60 negara dengan produksi meningkat sepuluh kali lipat dalam empat dekade terakhir.

Sejak domestikasi pertama, tukang kebun dan peternak telah memperbaiki banyak sifat penting secara agronomis seperti kualitas daun dan nutrisi. Seiring berjalannya waktu, perbaikan ini telah membentuk genom bayam.

Pada gilirannya, para peneliti dapat menggunakan informasi genom untuk mempercepat perbaikan sifat yang sangat penting untuk memerangi penyakit seperti jamur berbulu halus, ketahanan tanpa air dan lain-lain.

"Sekuen genom bayam dan varian transkripsi yang dikembangkan dalam penelitian ini memberi informasi berharga untuk budidaya bayam lebih tahan penyakit, hasil lebih tinggi dan kualitas lebih baik," kata Zhangjun Fei, botanis Shanghai Normal University, dan rekan.

Para ilmuwan menggunakan kultivar bayam China yaitu Sp75 untuk mengembangkan urutan genom. Berbekal pemahaman genom bayam yang lebih baik, mereka mengidentifikasi beberapa gen yang dapat memberi perlawanan terhadap patogen berbulu halus.

"Genom bayam mengandung 25.495 gen pengkode protein dan sangat berulang, dengan 74,4 persen isinya berbentuk unsur transposable," kata Fei.

Setelah diidentifikasi pada varietas bayam yang resisten, gen tersebut cepat berpindah ke varietas lain yang mungkin lebih bergizi, meningkatkan sistem kekebalan tubuh dalam melawan penyakit sambil tetap mempertahankan sifat-sifat yang laku pasaran.

"Ketika domestikasi, genom akan berkembang selama berabad-abad. Dalam banyak kasus dipaksakan melalui perubahan genetik untuk kultivasi, menciptakan tanaman yang sangat berbeda dari tanaman yang pertama kali dibawa dari alam liar," kata Fei.

Analisis varian transkripsi dari koleksi besar aksesi bayam budidaya dan liar menunjukkan bayam tidak seperti tanaman sayuran lainnya seperti tomat dan timun. Bayam memiliki bottleneck domestikasi yang lemah.

"Ini adalah berita bagus karena masih banyak ruang untuk perbaikan genetik bayam, tapi juga membuatnya lebih sulit untuk menentukan penanda genomik yang dapat mempercepat proses pemuliaan," kata Chen Jiao, botanis Boyce Thompson Institute.

"Meskipun demikian, kami mengidentifikasi banyak wilayah dalam genom yang secara langsung terkait dengan proses domestikasi yang mungkin terkait dengan sifat-sifat berharga seperti bulir, jumlah daun dan panjang batang," kata Jiao.

Jurnal : Chenxi Xu et al. Draft genome of spinach and transcriptome diversity of 120 Spinacia accessions, Nature Communications, 24 May 2017, DOI:10.1038/ncomms15275

Comments

Populer

DNA Memecahkan Misteri Bagaimana Mumi Terkait Satu Sama Lain

DNA memecahkan misteri bagaimana mumi-mumi terkait satu sama lain dimana sepasang mumi Mesir kuno yang dikenal lebih dari satu abad sebagai dua saudara sebenarnya adalah saudara tirinya. Kedua pria berpangkat tinggi tersebut memiliki seorang ibu, namun ayah yang berbeda.

Para arkeolog mengatakan sebuah jawaban tentang keluarga yang teredam dan terungkap berkat keberhasilan dua jenis DNA dari gigi mumi. Laporaan di Journal of Archaeological Science menyoroti pentingnya garis keturunan ibu dalam menganalisis orang-orang Mesis kuno.


Pertanyaan telah berputar-putar tentang latar belakang biologis dua mumi pria sejak ditemukan bersama di sebuah makam di dekat desa Rifeh pada tahun 1907. Makam berasal dari Dinasti ke-12 Mesir kuno antara tahun 1985 SM hingga 1773 SM. Prasasti peti mati menyebutkan seorang wanita, Khnum-Aa, sebagai ibu kedua pria tersebut.

Kedua mumi digambarkan sebagai putra gubernur lokal yang tidak disebutkan namanya. Tetap tidak jelas apakah prasasti tersebut merujuk pad…

Kecepatan Perjalanan Cahaya Tidak Selamanya Konstan

LaporanPenelitian.com - Kecepatan cahaya tidak konstan selamanya, struktur pulsa dapat memperlambat foton bahkan dalam ruang hampa.

Nenek Moyang Salamander Meregenerasi Anggota Badan

Penelitian ~ Nenek moyang salamander meregenerasi tungkai, fosil amfibi kuno menunjukkan tanda tangan mekanisme penggantian embel-embel sejauh era Permian.

Fosil Gua Misliya di Israel adalah Manusia Modern Tertua di Luar Afrika

Sebuah rahang mendorong keberangkatan manusia dari Afrika kembali pada waktunya dimana fosil ditemukan di gua Israel setidaknya berdating 177.000 tahun. Sebuah tulang di Israel saat manusia modern meninggalkan Afrika memberi pesan eksodus kuno dimulai lebih awal dari apa yang diteorikan selama ini.

Gua Misliya di Gunung Carmel di Israel menghasilkan rahang parsial Homo sapiens dengan perkiraan dating pada 177.000 hingga 194.000 tahun yang menunjukkan manusia modern bisa saja meninggalkan Afrika dan mencapai Timur Tengah sekitar 60.000 tahun lebih awal dari perkirakan sebelumnya.


Sampai sekarang fosil H. sapiens tertua yang diketahui di luar Afrika ditemukan di Gua Skhul dan Qafzeh di Israel berdating pada 90.000 dan 120.000 tahun, tetapi temuan baru mengisaratkan manusia meninggalkan Afrika sekitar 300.000 tahun lalu dan mencapai Timur Tengah lebih dari 200.000 tahun lalu

"Rahang Misliya memberikan bukti paling jelas nenek moyang kita pertama kali pindah dari Afrika jauh lebih aw…

Leucoraja erinacea Mengungkap Evolusi Kaki 420 Juta Tahun Lalu

Sirkuit saraf untuk berjalan jauh mungkin telah berevolusi pada ikan purba sejak 420 juta tahun lalu. Sirip Leucoraja erinacea dibangun untuk berjalan dan itulah yang dilakukan ikan berkat konstruksi kabel yang berevolusi jauh sebelum vertebrata air menginjakkan kaki di darat.

Lengan kecil menggunakan dua sirip seperti kaki di bagian bawah untuk bergerak di sepanjang dasar laut. Langkah kiri dan kanan didukung oleh otot yang meregang dan memanjang dimana pergerakan terlihat sangat mirip dengan banyak hewan darat. Karya pertama adalah melihat asal mula sirkuit saraf yang dibutuhkan untuk berjalan.


Para ilmuwan menggunakan tes genetik dan melaporkan temuan ke Cell untuk menunjukkan mengapa kaki kecil di air dan vertebrata darat berbagi blueprint genetik yang sama untuk pengembangan sel saraf yang dibutuhkan untuk gerakan anggota badan sebagai sejarah alam yang sangat penting.

"Neuron penting bagi kita untuk berjalan berawal dari spesies ikan purba," kata Jeremy Dasen, neurosie…