Monday, March 24, 2014

Sekuen Genom Terbesar Loblolly Pinus taeda

LaporanPenelitian.com - Tim multinasional selesai sekuen genom komplit Pinus Loblolly (Pinus taeda) dengan 22,18 miliar base pairs. Sekuen genom terbesar sampai saat dan urutan genom paling lengkap konifer yang pernah diterbitkan.

Pinus Loblolly (Pinus taeda) merupakan jenis pohon paling penting secara komersial di Amerika Serikat dan sumber sebagian produk kertas. Pinus ini juga sedang dikembangkan sebagai bahan baku biofuel. Genom juga memberi pemahaman yang lebih baik tentang evolusi dan keragaman tanaman.

"Ini genom besar. Namun tantangan tidak hanya mengumpulkan semua data berurutan. Masalahnya adalah perakitan urutan ke dalam sekuen," kata David Neale, genomikawan University of California Davis.

Neale dan rekan menggunakan metode baru untuk mempercepat perakitan genom dengan mengompresi mentah urutan data 100 kali lipat. Metode sekuensing genom modern membuat relatif mudah ketika membaca huruf-huruf individu dalam DNA, tetapi hanya dalam fragmen singkat.

Dalam kasus Pinus Loblolly (Pinus taeda), 16 miliar fragmen terpisah harus fit kembali bersama-sama sebahgai teka-teki komputasi. Para ilmuwan mampu merakit genom manusia, tapi 7 kali lebih besar terlalu banyak melebihi kapasitas kemampuan.

Data sekuens harus dimuat dalam memori super-komputer. Metode mengkompilasi fragmen tumpang tindih ke dalam potongan yang lebih besar, kemudian membuang semua informasi yang berlebihan. Redudansi komputer dengan 100 kali data sekuens.

"Ukuran berturut-turut, kita kumpulkan lipat lebih besar dari apa yang telah diterbitkan sebelumnya, Loblolly dapat melayani sebagai genom referensi berkualitas tinggi proyek konifer genom masa depan," kata Neale.

Urutan baru menegaskan genom loblolly begitu besar karena dijejali unsur DNA invasif yang disalin sendiri. Sekitar 82 persen genom terdiri dari fragmen berulang. Genom juga mengungkap lokasi gen yang mungkin terlibat dalam melawan patogen.
Decoding the massive genome of loblolly pine using haploid DNA and novel assembly strategies

David B Neale et al.

Genome Biology, 20 March 2014

Akses : DOI:10.1186/gb-2014-15-3-r59
Tinuku
Bagikan :

No comments:

Post a Comment