Wednesday, October 23, 2013

Virus Herpes Simplex Tipe 1 Out of Africa

Laporan Penelitian - Gen virus Herpes mendukung teori migrasi Out of Africa. Sekuen genom 31 strain Virus Herpes di Afrika, Eropa, Asia dan Amerika Utara mendukung teori migrasi kuno.

"Strain virus yang Anda prediksi berdasarkan sekuen genom manusia. Kami menemukan semua isolat cluster bersama Afrika. Semua virus dari Timur Tengah, Korea, Jepang, China, Eropa dan Amerika," kata Curtis Brandt, mikrobiolog University of Wisconsin-Madison.

"Kami temukan persis seperti antropolog katakan kepada kita dan ahli genetika molekuler yang telah menganalisis genom manusia tentang di mana manusia berasal dan bagaimana mereka menyebar di seluruh planet," kata Brandt.

Nenek moyang manusia muncul di Afrika sekitar 150.000 sampai 200.000 tahun lalu kemudian menyebar ke arah timur menuju Asia dan barat menuju Eropa. Para ilmuwan sebelumnya menyelidiki Herpes Simplex Virus Tipe 1 (HSV-1) dengan melihat satu atau sekelompok kecil gen, namun pendekatan ini bisa menyesatkan.

Brandt dan rekan menggunakan sekuen genetik berkapasitas tinggi dan bioinformatika lebih canggih untuk menganalisis sejumlah besar data dari genom 31 strain HSV-1. Masing-masing pohon keluarga digabungkan ke dalam satu jaringan pohon seluruh genom.

"Sampel di Texas datang dari seseorang yang melakukan perjalanan dari Timur Jauh atau berasal dari Amerika asli yang nenek moyangnya menyeberangi Selat Bering sekitar 15.000 tahun lalu," kata Aaron Kolb, optalmolog University of Wisconsin-Madison.

HSV-1 jadi virus ideal karena mudah dikumpulkan, tidak mematikan dan mampu membentuk infeksi laten seumur hidup. Virus menyebar melalui kontak dekat sehingga cenderung berjalan dalam keluarga. Selain itu HSV-1 jauh lebih sederhana dibanding genom manusia yang memotong biaya sekuensing.
Using HSV-1 Genome Phylogenetics to Track Past Human Migrations

Aaron W. Kolb1 et al.
  1. Department of Ophthalmology and Visual Sciences, School of Medicine and Public Health, University of Wisconsin-Madison, Madison, Wisconsin, United States of America
PLoS ONE, October 16, 2013

Akses : DOI:10.1371/journal.pone.0076267

Gambar: Aaron W. Kolb et al., DOI:10.1371/journal.pone.0076267
Tinuku
Bagikan :

No comments:

Post a Comment